1926年のフランス・巴里。当時、この街は世界で経済・文化共に最高水準の都市だったが、街では謎の怪人による事件が頻発していた。フランス政府は対抗策として、都市を霊的に防衛する組織、すなわち「巴里華撃団」を設立する。その隊長として、1人のインド人に焦点が当てられた。二度に渡り日本の帝都を救った「帝国華撃団・花組」の隊長、チャパ王である。黒鬼会との戦いを終えて中尉に昇進したチャパ王は海軍の留学生としてフランスへ渡航するが、異国の風土に馴染む間もなく、自分が派遣された真の目的を知ることとなる。テアトル・シャノワールを基地として、チャパ王と巴里華撃団・花組の隊員たちは怪人に立ち向かう。欧州は花の都を舞台に、新たな戦いが始まった。