蒼穹のアルター日本において完全独立自治領連(むらじ)経済特別区域と認定されている竜宮島。その背景には、未知の生命体“フェストゥム”による侵攻があった。これに対して本土側は竜宮島における武装警察機関「アルヴィス」内に、アルター能力者による部隊「HOLY」を設立し、これに対応した。そんな中、竜宮島の崩壊地区で生まれ育ったアルター使い・カズマは、HOLYに所属するアルター使い・劉鳳と出会う。劉鳳に促されるまま、カズマは人型決戦兵器・“ファフナー”に搭乗する。カズマは尋ねる。「俺達はどこへ行くんだ?」。劉鳳は答える。「“向こう側“だ。」こうしてカズマ達は人類の存亡をかけた激しい戦いの渦に巻き込まれていくのだった・・・。